據《中華人民共和國技術進出口管理條例》，商務部于2009年2月1日公布了修訂后的《技術進出口合同登記管理辦法》，該辦法自公布之日起30日后施行。《技術進出口合同登記管理辦法》（原對外貿易經濟合作部2001年第17號令）同時廢止。 以下是《辦法》詳細內容。
第一條 為規范自由進出口技術的管理，建立技術進出口信息管理制度，促進我國技術進出口的發展，根據《中華人民共和國技術進出口管理條例》，特制定本辦法。
第二條 技術進出口合同包括專利權轉讓合同、專利申請權轉讓合同、專利實施許可合同、技術秘密許可合同、技術服務合同和含有技術進出口的其他合同。
第三條 商務主管部門是技術進出口合同的登記管理部門。
自由進出口技術合同自依法成立時生效。
第四條 商務部負責對《政府核準的投資項目目錄》和政府投資項目中由國務院或國務院投資主管部門核準或審批的項目項下的技術進口合同進行登記管理。
第五條 各省、自治區、直轄市和計劃單列市商務主管部門負責對本辦法第四條以外的自由進出口技術合同進行登記管理。中央管理企業的自由進出口技術合同，按屬地原則到各省、自治區、直轄市和計劃單列市商務主管部門辦理登記。
各省、自治區、直轄市和計劃單列市商務主管部門可授權下一級商務主管部門對自由進出口技術合同進行登記管理。
第六條 技術進出口經營者應在合同生效后60天內辦理合同登記手續，支付方式為提成的合同除外。
第七條 支付方式為提成的合同，技術進出口經營者應在首次提成基準金額形成后60天內，履行合同登記手續，并在以后每次提成基準金額形成后，辦理合同變更手續。
技術進出口經營者在辦理登記和變更手續時，應提供提成基準金額的相關證明文件。
第八條 國家對自由進出口技術合同實行網上在線登記管理。技術進出口經營者應登陸商務部政府網站上的"技術進出口合同信息管理系統"(網址：jsjckqy.fwmys.mofcom.gov.cn)進行合同登記，并持技術進（出）口合同登記申請書、技術進（出）口合同副本（包括中文譯本）和簽約雙方法律地位的證明文件，到商務主管部門履行登記手續。商務主管部門在收到上述文件起3個工作日內，對合同登記內容進行核對，并向技術進出口經營者頒發《技術進口合同登記證》或《技術出口合同登記證》。
第九條 對申請文件不符合《中華人民共和國技術進出口管理條例》第十八條、第四十條規定要求或登記記錄與合同內容不一致的，商務主管部門應當在收到申請文件的3個工作日內通知技術進出口經營者補正、修改，并在收到補正的申請文件起3個工作日內，對合同登記的內容進行核對，頒發《技術進口合同登記證》或《技術出口合同登記證》。
第十條 自由進出口技術合同登記的主要內容為：
（一）合同號
（二）合同名稱
（三）技術供方
（四）技術受方
（五）技術使用方
（六）合同概況
（七）合同金額
（八）支付方式
（九）合同有效期
第十一條 國家對自由進出口技術合同號實行標準代碼管理。技術進出口經營者編制技術進出口合同號應符合下述規則：
(一)合同號總長度為17位。
(二)前9位為固定號：第1-2位表示制合同的年份（年代后2位）、第3-4位表示進口或出口國別地區（國標2位代碼）、第5-6位表示進出口企業所在地區（國標2位代碼）、第7位表示技術進出口合同標識（進口Y，出口E）、第8-9位表示進出口技術的行業分類（國標2位代碼）。后8位為企業自定義。 例：01USBJE01CNTIC001。
第十二條 已登記的自由進出口技術合同若變更本辦法第十條規定合同登記內容的，技術進出口經營者應當辦理合同登記變更手續。
辦理合同變更手續時，技術進出口經營者應登錄"技術進出口合同信息管理系統"，填寫合同數據變更記錄表，持合同變更協議和合同數據變更記錄表，到商務主管部門辦理手續。商務主管部門自收到完備的變更申請材料之日起3日內辦理合同變更手續。
按本辦法第七條辦理變更手續的，應持變更申請和合同數據變更記錄表辦理。
第十三條 經登記的自由進出口技術合同在執行過程中因故中止或解除，技術進出口經營者應當持技術進出口合同登記證等材料及時向商務主管部門備案。
第十四條 技術進出口合同登記證遺失，進出口經營者應公開掛失。憑掛失證明、補辦申請和相關部門證明到商務主管部門辦理補發手續。
第十五條 各級商務主管部門應加強對技術進出口合同登記管理部門和人員的管理，建立健全合同登記崗位責任制，加強業務培訓和考核。
第十六條 中外合資、中外合作和外資企業成立時作為資本入股并作為合資章程附
