2009年6月23日，科技部基礎研究管理中心在北京組織召開蛋白質組學國家重點實驗室（軍事醫學科學院）的驗收會議。實驗室驗收專家組由9位國內知名專家組成，組長為中國醫學科學院的沈巖院士。科技部基礎研究管理中心劉燕美副主任，總后勤部衛生部科訓局黃殿龍副局長、科技部基礎研究司基地建設處周文能處長等出席會議并講話。

驗收專家組認真審閱了實驗室的建設計劃任務書和建設驗收申請報告，并通過聽取實驗室建設報告、現場考察、與實驗室固定人員座談等方式考察實驗室的建設情況。一致認為，蛋白質組學國家重點實驗室自2007年10月批準建設以來，結合國家需求與學科發展，開展了深入的基礎及應用基礎研究。凝煉形成了“人類肝臟蛋白質組組成及其功能網絡研究”等研究方向。

實驗室在建設期間，科研成果突出，在蛋白質組新技術新方法、重要蛋白質功能研究、重大疾病分子標志物篩選驗證等方面取得了具有國際影響的研究成果，發表了一批高水平學術論文。獲得國家自然科學獎二等獎、國家科技進步獎二等獎等4項獎勵。

實驗室隊伍規模和年齡結構合理，現有科學院院士1人，國家杰出青年基金獲得者4人，并培養和引進了一批年輕的學術帶頭人和科研骨干，在隊伍建設和人才培養方面取得了顯著成效。

建設期間，實驗室健全與完善了各種規章制度，逐漸實現管理制度化。開展了廣泛的國內外學術交流，積極參與多項大型國際科技合作計劃，舉辦了3次國際、2次國內學術會議。

驗收專家組認為，實驗室全面完成建設計劃任務書中所規定的各項任務。